O Curso de Odontologia foi criado em 25 de outubro de 1884, por meio do Decreto n°. 9.311, anexo à Faculdade de Medicina.
A criação da Faculdade de Odontologia da UFRJ, ou seja, a separação efetiva entre esta e a Faculdade de Medicina ocorreu em 28 de novembro de 1933, segundo o Decreto n°. 23.512, com Sede no Campus da Praia Vermelha.
A transferência da Escola da Odontologia para a Ilha do Fundão efetuou-se no ano de 1981, sua Sede atualmente.
No presente momento, a Faculdade de Odontologia da UFRJ oferece o Curso de Graduação em Bacharel em Odontologia, cursos de extensão, especialização, mestrado, doutorado, técnico, bem como prestação de serviços odontológicos à comunidade, tais como: atendimento clínico e/ou cirúrgico, realização de exames complementares de radiografia e laboratoriais.
A Unidade é composta pela Direção e setores ligados a ela e por cinco departamentos: Patologia e Diagnóstico Oral; Odontologia Social e Preventiva; Odontopediatria e Ortodontia; Clínica Odontológica; e Prótese e Materiais Dentários.
Relação dos diretores:
1933 – 1936 Henrique Carlos Carpenter
1936 – 1937 Hildebrando Braga
1937 – 1946 Abelardo de Britto
1946 – 1948 Frederico Carlos Eyer
1948 – 1951 José Ferreira Pires
1951 – 1963 Chryso Leão Fontes
1963 – 1966 Abelardo de Britto
1966 – 1972 José Martins Alvarez
1973 – 1977 José Hercy Vilella de Andrade
1978 – 1982 Carlos de Souza Telles
1982 – 1984 Charley Fayal de Lyra
1984 – 1986 Roberto Braga de Carvalho Vianna
1986 – 1990 Roberto Braga de Carvalho Vianna
1990 – 1993 Nicola Tancredo
1993 – 1994 Roberto Braga de Carvalho Vianna
1994 – 1998 Nélio Victor de Oliveira
1998 – 2002 Nélio Victor de Oliveira
2002 – 2006 Wladimir Cortezzi
2006 – 2010 Ednilson Porangaba Costa
2010 – 2014 Ednilson Porangaba Costa
2018 – 2022 Márcia Grillo Cabral
2022 – Elson Braga de Mello (Em mandato)